El Departamento de Infectología fue fundado como Laboratorio de Microbiología y Parasitología del Hospital de Enfermedades de la Nutrición en junio de 1947. En 1978 cambia el nombre a Departamento de Infectología e inicia el curso formal de la especialidad. Esta nueva estructura se sustenta sobre tres bases: la atención médica, la enseñanza y la investigación.
El Departamento integra al laboratorio de microbiología clínica, al laboratorio de investigación básica en enfermedades infecciosas e infecciones emergentes, al laboratorio de inmunopatología infecciosa, a la clínica de inmunodeficiencias y VIH, la clínica de infectología-transplantes y una unidad de epidemiología y bioestadística para estudios poblacionales.El Departamento fue creado para cubrir las necesidades de atención al paciente infectado hospitalizado, incrementar el conocimiento científico de las enfermedades infecciosas basado en la evidencia, la formación de recursos humanos en infectología y directamente contribuir a mejorar el manejo clínico de las enfermedades infecciosas de importancia para la Salud Pública.
Esta lidereado por un Comité Ejecutivo que incluye a los médicos e investigadores que son cabeza de las unidades que integran el Departamento de Infectología.
